I middelalderen henlå Bøtøområdet som et udstrakt og ubebygget græsningsområde. Efter traditionen blev området koloniseret af hollændere på Christian 2.´s tid, og i 1552 fik 11 hollændere livbrev på Bøtø.

I 1674 blev tre af landsbyens gårde nedlagt til fordel for en mejerigård, og i 1681 blev de sidste fem fæstere frataget deres gårde fordi der skulle oprettes endnu en mejerigård. De gamle beboere fik dog lov til at vende tilbage, da mejerigårdene fem år efter blev nedlagt.Hertil kommer en skolebygning fra århundredskiftet og – syd for Bøtø Møllevej – to af byens oprindelige gadekær. Byen blev, som den sidste landsby på Falster, udskiftet i 1835-36.

Før udskiftningen fremtrådte Bøtø som en enkelt gårdrække, hvor byens otte gårde var placeret tæt op ad hinanden, på nordsiden af den nuværende Bøtø Møllevej. Af disse er der i dag tre gårde tilbage. I 1844 var der otte gårde og otte huse i byen.I tiden frem til 2. Verdenskrig var sommerhusbebyggelsen fra Marielyst rykket sydpå.
Dels som en sammenhængende bebyggelse af området mellem Diget og Bøtøvej. Dels som spredte, kystnære udstykninger syd for Bøtø, dels som mindre udstykninger på vestsiden af Bøtøvej. Klitområdet med den gamle bavnehøj, øst for Bøtø by, hvor byens mølle lå (nedbrændt omkring 1900) rummer en række ældre bevaringsværdige sommerhuse. Blandt disse „Højsande“, bygget 1924 som en tillempet udgave af Liselund Slot.

Bøtø by er sårbar over for strukturelle ændringer, der vil udviske de sidste spor af byens oprindelige karakter. Det omgivende sommerhusområde er sårbart over for strukturelle ændringer i form af yderligere udstykning og bebyggelse. Ældre sommerhuse, der endnu fremtræder uden væsentlige om- og tilbygninger, er sårbare over for nedrivning og væsentlige ændringer af arkitektur og omgivelser.